عثمان را كه محتسب شهر هرات بود بلشكرگاه شيبانى فرستادند كه شرايط تسليم را جويا شود . عثمان برادرزادهء وى رهسپار شد و در ضمن آنكه در راه وى را غارت كردند بديدار شيبانى رسيد . خوندامير پس از تصرف هرات در آن شهر ماند و خود تلخ‌كامىهاى خويش و ياران خود را در نتيجهء دستبرد ازبكان در حبيب السير بيان كرده است . در سال 916 كه شاه اسمعيل صفوى شيبانى را كشته و هرات را از وى گرفته است وى هنوز در آن شهر بوده است . ولى در سال 920 در ديه پشت در غرجستان در انزوا ميزيسته است و در آنجا بتأليف مشغول بوده . پس از آن به خدمت محمد زمان پسر مهتر مخدوم سابق خويش پيوست و مدتى در بلخ در دربار او بود . ولى چون محمد زمان در صدد شد بقندهار رود خوندمير ازو رخصت گرفت و بديه پشت بازگشت . ظاهرا پس از آن بار ديگر بهرات رفته زيرا كه در اواسط ماه شوال 933 در هرات بوده و از آنجا بقندهار رفته است ولى بيش از اندك‌زمانى در قندهار نمانده و در 10 جمادى الاخرهء 934 بهندوستان رفته است و روز شنبهء چهارم محرم 935 در شهر اگره بدربار بابر راه يافته است . در همان سال 935 بهمراهى بابر ببنگاله و بسواحل رود گنك رفته است پس از مرگ بابر در 937 خوندمير بدربار پسرش همايون راه يافته و در آن زمان كتابى در مناقب اين پادشاه بنام قانون همايون با همايون‌نامه نوشته . معمولا مرگ خوندمير را در سال 941 در ضمن جنگ همايون در گجرات نوشته‌اند ولى مؤلف تاريخ فرشته گويد پس از باز گشت ازين جنگ از اسهال درگذشته است .